Shepard là nhân vật người chơi chính trong bộ ba Mass Effect. Giới tính, vẻ ngoài, lịch sử, đào tạo chiến đấu và tên của Shepard được xác định bởi người chơi trước khi trò chơi bắt đầu. Shepard 29 tuổi trong trò chơi đầu tiên mặc dù theo sinh học hoặc theo thứ tự thời gian là 29 hoặc 31 tuổi trong trò chơi thứ hai và khoảng 33 trong trò chơi thứ ba. Mô hình của nam Shepard mặc định được sử dụng bởi BioWare cho trailer được gọi là John trong khi tên mặc định của nữ là Jane; cả hai đều mặc định là thuộc lớp Soldier. Shepard là một người lính kỳ cựu bắt đầu trong trò chơi như là một ứng cử viên để trở thành đặc vụ "Spectre" con người đầu tiên. Khi trò chơi tiến triển, Shepard thực hiện một loạt các nhiệm vụ quan trọng và được ủy quyền để làm bất cứ điều gì cần thiết để có thể thực hiện được nhiệm vụ. Vào cuối trò chơi, Shepard giết chết nhân vật phản diện Saren Arterius và giúp đánh bại Reaper Sovereign. Một trong những quyết định quan trọng nhất Shepard làm ở cuối trò chơi đầu tiên và quyết định số phận của Citadel Council và vai trò của nhân loại trong thiên hà. Shepard có thể chọn để cứu Council, kết quả là con người được cấp một vị trí trong Council; Shepard cũng có thể khiến Sovereign bị tấn công trực tiếp, vô tình giết chết Council và tạo ra một Council mới được kiểm soát bởi con người; hoặc Shepard có thể ra lệnh bỏ mặc Council, dẫn đến cái chết của họ và khiến nhân loại là loài chiếm ưu thế trong thiên hà.

Một tháng sau khi đánh bại Sovereign, tàu không gian của Shepard là Normandy SSV bị phá hủy bởi một tàu chiến bí ẩn, giết chết Shepard. Cơ thể của Shepard được phục hồi bởi Cerberus, một tổ chức của con người đã theo dõi các hành động của Shepard trong Mass Effect. Trong hai năm, Shepard được xây dựng lại thông qua dự án Lazarus của Cerberus, đứng đầu bởi Miranda Lawson, bằng việc sử dụng một sự kết hợp giữa điều khiển học và công nghệ nano. Khi được phục hồi một cách đầy đủ, Shepard điều tra sự biến mất của các thuộc địa của con người.

Về vấn đề liên quan đến cái chết của Shepard, Giám đốc BioWare là Casey Hudson giải thích rằng dựa trên các quyết định trong Mass Effect 2, Shepard có thể chết trong một số các kết thúc của trò chơi. Hudson nói: "If you do die in the ending of Mass Effect 2, it will not come as a surprise, nor will it be random. It will be pretty obvious that you headed into the final mission knowing that Shepard probably wouldn’t make it out alive." Hudson cũng khẳng định rằng các thành viên trong nhóm sẽ bị ảnh hưởng bởi quyết định của người chơi như: "Bạn có thể có một kết thúc mà toàn bộ nhóm của Shepard sẽ sống sót, hoặc toàn bộ nhiệm vụ là một vụ tắm máu và tất cả mọi người (bao gồm cả Shepard) bị giết chết, hoặc bất cứ điều gì ở giữa." Cuối cùng, Hudson tiết lộ rằng nếu Shepard của người chơi chết trong trò chơi thứ hai, người đó không thể xuất hiện trong Mass Effect 3; thay vào đó, trò chơi thứ ba sẽ được chơi với một Shepard mới bắt đầu trong trò chơi đó, hoặc với một những người sống sót trong Mass Effect 2 [1].

Shepard trở lại một lần nữa như là nhân vật chính trong Mass Effect 3. Trong trò chơi này, Shepard bị đình chỉ hoạt động sau khi các sự kiện của trò chơi trước đó. Đột nhiên, Reaper tấn công Trái Đất, buộc Shepard phải chạy trốn khỏi hành tinh. Cốt truyện chính của trò chơi cho thấy Shepard di chuyển khắp thiên hà và cố gắng đạt được hỗ trợ từ các nền văn minh khác để khởi động một nhiệm vụ cuối cùng để cứu Trái Đất và đánh bại Reaper một lần và mãi mãi. Theo Bioware, Mass Effect 3 sẽ kết thúc câu chuyện của Shepard và đánh dấu sự xuất hiện cuối cùng của Shepard trong loạt game. Tùy thuộc vào hành động của người chơi trong trận chiến cuối cùng, Shepard hoặc phải hy sinh bản thân để kiểm soát các Reapers, tiêu diệt chúng, hoặc tạo ra một dạng sống hữu cơ tổng hợp mới, hoặc từ chối không đưa ra quyết định và vòng tròn lặp lại trong khi Shepard hy sinh. Tuy nhiên, nếu người chơi lựa chọn phá hủy Reaper/tất cả các dạng sống tổng hợp và thu thập đủ các cánh quân sự, Shepard sẽ được cho thấy là sống sót trong một đống đổ nát. Nếu Shepard có mối quan hệ tình cảm với một nhân vật khác và nhân vật đó sống sót ở cuối bộ ba, trong bản DLC Extended Cut, người yêu của Shepard có thể đặt tên Shepard lên bia tưởng niệm (kết thúc Shepard chết), hoặc không đặt tên của Shepard lên cùng với nét cười và ánh mắt hy vọng (gợi ý rằng Shepard còn sống).

Phiên bản nam của Shepard được lồng tiếng bởi Mark Meer, với Jennifer Hale cho phiên bản nữ. Người mẫu thời trang Mark Vanderloo là mô hình cho vẻ ngoài mặc định của tư lệnh Shepard nam.